现代的实验室用气相色谱仪大都是即可做填充柱气相色谱又可进行毛细管气相色谱的色谱仪，在仪器设计上考虑了毛细管气相色谱仪的特殊要求。毛细管气相色谱仪的进样系统和填充柱气相色谱有较大的差别：
1 气源和流量控制
这一部分的部件和填充柱色谱仪没有太大的区别，只是由于毛细管气相色谱要求的载气流量比填充柱小得多，如不用分流进样，则柱前压较小，流量指示部件的树脂也较低，对控制和检测部件的要求高，所以早期的毛细管色谱多用分流进样。目前的仪器多采用电子压力控制系统。
2 进样系统
毛细管气相色谱仪的进样系统和填充柱色谱仪有较大的差别，为了肯发毛细管气相色谱在分流进样中带来的歧视现象，研究了多种进样方法和设备，如分流/不分流进样系统；保留间隙进样系统；程序升温进样系统。
3 色谱柱系统
这一系统包括色谱柱柱箱，柱接头和色谱柱。柱箱和填充柱色谱仪的没有什么区别，柱接头是连接进样系统的，要比填充柱色谱复杂一些。
4 检测系统
毛细管气相色谱可使用各种检测器，*常用*主要的是FID，也可以和微型TCD、ECD、FPD及TID相匹配。但是要和毛细管气相色谱仪匹配，检测器的死体积要尽可能的小。
5 记录和数据处理系统
毛细管气相色谱的出峰时间短，有时候不到1s，因为毛细管气相色谱的柱效高，峰形尖锐，区域宽度小，出峰时间有时很快，所以记录仪的响应随度要快。
